Stasiun Bojonegoro (BJ) merupakan stasiun kereta api kelas pertama yang terletak di Desa Sukorejo, Kecamatan Bojonegoro, Kabupaten Bojonegoro. Stasiun yang terletak pada ketinggian 15 meter di atas permukaan laut ini merupakan stasiun kereta api paling timur di bawah manajemen DAOP IV Semarang.
Dahulu, dari stasiun ini terdapat jalur rel yang akan berakhir di Rembang. Namun sekarang, jalur itu sudah tidak dioperasikan lagi. Jalur ini juga bercabang di Rembang menuju Blora dan Cepu yang juga sudah dinonaktifkan.
Stasiun ini dahulu juga memiliki dipo lokomotif dan pernah melayani kereta api angkutan pasir kuarsa ke Cilacap. Sisa-sisa dari Dipo Lokomotif Bojonegoro yang masih dapat dilihat dengan jelas hanyalah gerbong NR yang disimpan di sepur badug antara jalur dua dan, serta jembatan rel tua bekas ke arah dipo di sebelah barat Stasiun.
Stasiun Bojonegoro terletak di Jalan Gajah Mada, yang menghubungkan Bojonegoro dengan Babat. Stasiun ini menghadap ke arah utara dan memiliki tujuh jalur. Semua jalur menyatu pada ujung-ujungnya, kecuali jalur enam. Jalur tiga dan empat adalah sepur lurus, sedangkan jalur enam adalah sepur badug dengan jalan masuknya dari arah timur.
Stasiun Bojonegoro melayani kereta api kelas eksekutif, bisnis, ekonomi AC, serta commuter AC. Kereta api yang beroperasi di stasiun ini adalah:
- KA eksekutif Sembrani, tujuan Surabaya atau Jakarta.
- KA eksekutif dan bisnis Harina, tujuan Surabaya atau Cikampek bersambung Bandung.
- KA eksekutif dan bisnis Gumarang, tujuan Surabaya atau Jakarta.
- KA ekonomi AC plus Jayabaya, tujuan Jakarta atau Malang via Surabaya.
- KA ekonomi AC Kertajaya, tujuan Surabaya atau Jakarta.
- KA ekonomi AC Maharani, tujuan Surabaya atau Semarang.
- KRD Bojonegoro, tujuan Surabaya bersambung Sidoarjo.
- Commuter ekonomi AC Cepu Ekspres, tujuan Surabaya dan Cepu.
- Commuter ekonomi AC Blora Jaya Ekspres, tujuan Semarang.
Berikut jadwal kereta api di Stasiun Bojonegoro berdasarkan GAPEKA 2015.
| No. KA | KA | Tujuan | Kelas | Tiba | Berangkat |
| 78 | Gumarang | Surabaya Pasarturi (SBI) | Eksekutif & Bisnis | 01.40 | 01.46 |
| 48 | Sembrani | Eksekutif Satwa | 04.00 | 04.06 | |
| 258 | Cepu Ekspres | Ekonomi AC | 06.08 | 06.12 | |
| 213 | Maharani | Semarang Poncol (SMC) | 07.36 | 07.40 | |
| 75/74 | Harina | Surabaya Pasarturi (SBI) | Eksekutif & Bisnis | 08.16 | 08.22 |
| 262 | Blora Jaya Ekspres | Bojonegoro (BJ) | Ekonomi AC | 10.40 | – |
| 257 | Cepu Ekspres | Semarang Poncol (SMC) | 11.28 | 11.32 | |
| 472/473 | KRD Bojonegoro | Bojonegoro (BJ) | 12.35 | – | |
| 474/475 | Surabaya Pasarturi (SBI) bersambung Sidoarjo (SDA) | – | 13.30 | ||
| 261 | Blora Jaya Ekspres | Semarang Poncol (SMC) | – | 14.25 | |
| 214 | Maharani | Surabaya Pasarturi (SBI) | 14.45 | 14.50 | |
| 151/154 | Jayabaya | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi AC Plus | 15.39 | 15.44 |
| 77 | Gumarang | Eksekutif & Bisnis | 17.04 | 17.10 | |
| 73/76 | Harina | Cikampek (CKP) bersambung Bandung Hall (BD) | 17.49 | 17.53 | |
| 47 | Sembrani | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Satwa | 19.19 | 19.22 |
| 152/153 | Jayabaya | Surabaya Pasarturi (SBI) bersambung Malang Kotabaru (ML) | Ekonomi AC Plus | 21.28 | 21.34 |
| 177 | Kertajaya | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi AC | 22.28 | 22.33 |
| 178 | Surabaya Pasarturi (SBI) | 23.49 | 23.55 |
