Stasiun Bondowoso (BO) merupakan stasiun kereta api yang berlokasi di kecamatan Bondowoso, kabupaten Bondowoso, Provinsi Jawa Timur. Lokasinya hanya berjarak sekitar 1 km dari alun-alun kota Bondowoso. Stasiun yang berada di ketinggian 253 mdpl ini pertama kali dibuka pada tahun 1900-an. Stasiun Bondowoso menjadi stasiun kereta api terbesar di Kabupaten Bondowoso yang beroperasi di bawah kendali PT KAI Daop IX Jember. Sayangnya, stasiun ini telah dinonaktifkan sejak tahun 2004 karena alasan ekonomi dan belum dibuka lagi hingga saat ini.
Stasiun ini dulunya melayani kereta api lokal untuk tujuan Jember dan Panarukan. Saat pertama kali dibuka, stasiun Bondowoso memiliki 6 jalur kereta api aktif. Jumlah jalur aktif tersebut perlahan-lahan berkurang akibat sepinya animo masyarakat untuk menggunakan jasa angkutan kereta api, hingga akhirnya tinggal 2 jalur saja yang digunakan jelang penutupan stasiun di tahun 2004. Stasiun Bondowoso kini menjadi bagian dari aset aset heritage milik PT. Kereta Api Indonesia. Meski tidak difungsikan, bangunan stasiun Bondowoso masih berdiri dengan kokoh dan terawat.
Di tahun 2015 ini, moda transportasi kereta api untuk rute Jember-Panarukan mulai memasuki tahap perencanaan untuk kembali diaktifkan. Prospek tersebut berkaitan dengan upaya untuk mengembangkan wilayah yang dilalui oleh jalur kereta Jember-Panarukan agar lebih meningkat taraf ekonomi dan sosialnya. Tahap pengerjaan jalur kereta api ini kabarnya akan mulai digarap pada awal tahun 2016 dan diperkirakan baru bisa digunakan lagi pada tahun 2018 mendatang.
Tak Jauh dari Stasiun Bondowoso, terdapat monumen gerbong maut. Gerbong maut ini dulunya digunakan oleh tentara Belanda untuk membawa para pejuang yang menjadi tahanan dari Penjara Bondowoso ke tempat tahanan di Bubutan Surabaya. Dalam perjalanan di gerbong yang penuh sesak tersebut, banyak pejuang yang mati karena kelelahan dan kelaparan. Sebanyak 100 tahanan diangkut menggunakan 3 gerbong kereta. Gerbong pertama dan kedua memiliki ventilasi udara, meskipun kecil dan diisi oleh masing-masing 68 tawanan. Sedangkan gerbong ketiga diisi oleh 38 tahanan, namun tanpa memiliki lobang udara sama sekali. Perjalanan kereta dari Bondowoso ke Surabaya yang memakan waktu sekitar 20 jam itu praktis membuat tahanan di gerbong ke-3 menjadi kelelahan dan lemas karena kurang oksigen. Gerbong ketiga yang bernomor GR 10152 ini menjadi saksi bisu kekejaman Belanda pada para tahanan pribumi. Gerbong ini kini dipajang di Museum Brawijaya Malang.
