Stasiun Manggarai (MRI) terletak di Manggarai, Tebet, Jakarta Selatan. Terletak di ketinggian +13 mdpl, Stasiun yang tercakup dalam Daerah Operasi 1 Jakarta ini menjadi stasiun kereta terbesar di DKI Jakarta. Stasiun ini juga memiliki jalur yang sangat banyak, yakni 10 jalur aktif, sama seperti Stasiun Jakarta Kota.
Meski begitu, Stasiun Manggarai hanya melayani perjalanan KRL Jabodetabek saja. Sejak aturan Gapeka 2015 diberlakukan, stasiun ini praktis tidak lagi melayani perjalanan kereta api jarak jauh, kecuali jika terjadi persilangan atau penyusulan kereta api. Stasiun Manggarai sendiri berdiri di persimpangan 7 jalur, yakni menuju Jatinegara, Jakarta Kota, Tanah Abang, Bogor, dipo KRL Bukit Duri, Balai Yasa Manggarai, serta Pengawas Urusan Kereta.
Stasiun Manggarai juga berfungsi sebagai Dipo penyimpanan kereta-kereta besar, beberapa rangkaian kereta api yang disimpan di stasiun ini antara lain adalah KA Jayabaya, KA Gaya Baru Malam Selatan, KA Majapahit, KA Brantas, dan KA Bangunkarta. Meski menyimpan rangkaian kereta api jarak jauh, Stasiun Manggarai tidak melayani penumpang untuk perjalanan menggunakan jenis kereta api tersebut.
Di sebelah Dipo dan Stasiun Manggarai terdapat Balai Yasa Manggarai yang difungsikan sebagai tempat reparasi maupun cek rutin kereta-kereta penumpang. Di sebelah selatan stasiun, berdiri Dipo KRL Bukit Duri yang tak jauh lokasinya. Dipo yang satu ini digunakan untuk menyimpan serta sebagai lokasi perawatan harian dari aneka KRL. Dulunya dipo ini juga digunakan untuk menyimpan lokomotif diesel, namun kini semuanya telah dipindahkan ke Stasiun Tanah Abang dan Stasiun Jatinegara.
Sebagian besar kereta api yang berhenti di Stasiun Manggarai adalah KA Commuter Line Jabodetabek dengan tujuan Bogor, Bekasi, Depok, dan Jakarta Kota. Meski tak sering, ada pula rangkaian Kereta Luar Biasa (KLB) yang melintasi stasiun ini dengan membawa rangkaian KRL rusak menuju ke pabrik PT Inka di Madiun. Beberapa KRL baru yang didatangkan dari Jepang biasanya akan diparkir di Stasiun Manggarai sebelum diangkut ke Depo Depok ataupun Depo Bukit Duri.
Pengoperasian KRL yang semakin padat membuat kondisi Stasiun Manggarai makin ramai dari waktu ke waktu. Alasan ini menjadikan beberapa perusahaan waralaba restoran maupun pertokoan internasional tertarik untuk membuka cabang di Stasiun Manggarai. Beberapa gerai Franchise yang telah hadir di Stasiun Manggarai diantaranya Starbucks, KFC, Circle K, 7-eleven, dan Roti’O.
